Seit 1988 ist die Kirche an ihrem neuen Platz für die Öffentlichkeit zugänglich. Und im Jahre 1993 wurden nach insgesamt zwei Jahren die Bau- und Restaurierungsarbeiten an dem 17 Meter hohen Barockaltar abgeschlossen.

Wichtige Bestandteile der Innenarchitektur der Kirche sind unter anderem die aus der Renaissance stammenden, mehrfarbigen Reliefszenen des Alten und Neuen Testamentes, welche die Brüstungder Empore zieren.

Auch die erhaltene gotische Kanzel samt neu entdeckten Originalmalereien, das Taufbecken, sowie ein Pastoforium, das bei der Errichtung des neuen Barockaltars zum Eingang der Sakristei verlegt wurde, zählen dazu. 

Zudem sind in der Kirche steinerne Renaissance-Grabdenkmäler von bedeutenden Moster Bürgern aufgestellt. Beispielsweise von Nikolaus Riese, dem Goldschmied und langjährigen Direktor des Kirchenbaus und  von Ursula und Magdalena von der Weitmühl.

Die Einweihung fand am 19. und 20. Juni 1993 durch den Bischof Josef Koukl statt. Heute wird dieKirche beispielsweise für Gottesdienste und Trauungen, aber auch Ausstellungen genutzt. 

Neben der Marienkirche befindet sich die ehemalige Spitalkirche zum Heilgen Geist aus dem 14. Jahrhundert.